受赵三多的影响，山东很多地方的人民起义也竖起了“义和团”和“扶清灭洋”的大旗。这些队伍彼此之间互不统属，各自为战。其中最有影响力的是朱红灯的“神拳义和团”。
“神拳”是非常草根的民间底层组织。周锡瑞在《义和团运动的起源》中把它称之为“大刀会的穷亲戚”。这个比喻很有意思。大刀会相对于官方的团练来说，已经算是“穷亲戚”：大地主士绅有钱，办真团练，受官府控制和资助；小地主小士绅就办大刀会，跟官府藕断丝连，经费更拮据一些。加入大刀会要交“香火费”，赵三多的梅花拳要拜师学艺也得给老师交学费。很多贫苦农民交不起，他们就加入“神拳”。“神拳”完全不需要交费，不建庙不供神，没有什么公共开支，主要就是通过念咒语和烧香的方式来表演“神仙附体”，然后就可宣布自己“刀枪不入”，学会了神仙传授的拳法，非常适合交不起香火钱或拜师费用的穷人。
下凡附体的神仙都是中国民间戏文中的形象，有如来佛、观音菩萨这种真正的神仙，也有孙悟空、猪八戒、二郎神这种神话人物，还有关公、赵云、姜子牙这些历史上的英雄。
跟白莲教、天地会一样，神拳义和团的组织高度分散，每个村庄都可以自己成立一个组织，称“坛”，每个“坛”有一个“大师兄”当领导，负责表演神仙附体的仪式。这些“坛”有的称“总坛”有的称“分坛”，但彼此之间互不隶属，仅是平时沟通联络、出了事情互相协助。神拳义和团在赵三多义和拳“扶清灭洋”的基础上增加了一套完整的仪式，方便传播和组织动员，后来传到直隶的义和团基本都是“神拳义和团”。
“神仙附体”的仪式很荒谬，反应了底层人民科学文化素质的严重短缺，但它有一个很大的优点，就是省钱：一分钱不花就能让神仙传授自己拳法。它可以迅速组织和动员底层人民加入反对洋教特权的斗争。对这种仪式要正确理解：不是底层人民被迷信思想煽动蒙蔽了之后，才去反对洋教特权。而是底层人民已经有了强烈的反对洋教特权的诉求，但不知道怎么消灭这些特权的压迫，才有朱红灯这种领袖人物利用这套仪式把大家动员组织起来去采取行动。是先有反教会特权的诉求，再去找合适的仪式，而不是先有仪式，通过仪式让大家产生原来没有的诉求。这跟白莲教造反、太平天国造反是一样的，宗教仪式和理论都是革命的工具而非源动力。不能颠倒了其中的因果关系。
“神拳”仪式和义和团“扶清灭洋”的口号结合以后，传播能力迅速增强，像野火一样在华北大地上蔓延开来，成了华北人民反抗洋教特权的最受欢迎的工具。受教会欺负多年的人们终于可以联合起来反抗教会压迫、出这一口恶气了。山东和河北直隶地区，到处都是义和团组织，几乎每个村庄都会设立拳坛。
面对这种形势，列强对清政府强烈不满，要求加强镇压。清政府不得不把刚上一年的山东巡抚张汝梅免职，任命以铁腕著称的毓贤担任山东巡抚。
“义和团”这个词最早其实是张汝梅提出来的。他一直主张把“拳民”收编为“团练”，在给朝廷的奏章中曾经提议可以把“义和拳”改编为“义和团”。朱红灯和赵三多把“义和拳”改名为“义和团”是在张汝梅上奏之后，不晓得有没有受到张汝梅思想的启发还是纯粹的巧合。
李秉衡和张汝梅这两任山东巡抚都倾向于和平处理人民反抗洋教的运动。他们很清楚这里边的是非曲直。毓贤长期处理盗贼和镇压叛乱，对民教冲突理解不够深入，在1896年处理大刀会的时候把大刀会直接当土匪来对待，很得清廷的赏识。但是，随着时间的推移，毓贤在山东布政使、按察使这些高级职位上接触到越来越多的涉外问题，见识到列强的蛮横，他的看法开始迅速改变。
1898年1月22日，驻扎在胶州湾的德军百余人离开驻地，进入附近的即墨县城，勒令知县朱衣绣交出地丁册籍和地方志书。朱衣绣拒绝。第二天晚上，一名在县城西门站岗巡逻的德兵，因酗酒滋事，被居民李象凤杀死。事发后，德军深夜闯入县署，将朱衣绣掳去扣押，并立逼其将李象凤擒拿处死。借此事件，德国与1898年3月强迫清政府签订《胶澳租界条约》，胶州湾沿线一百里内清军不得进入而德军可随意行动，并强租青岛99年，又在山东境内修建从胶州湾到济南、沂州两条铁路，独占铁路沿线30华里的开矿和经商优先权，正式把整个山东变成其势力范围。
这段时间，毓贤正担任山东布政使，全程参与了相关的交涉。作为一个有强烈民族自豪感和国家意识的满洲高官，被德国人蛮横无理的侵略行径气得不轻。
1899年3月，毓贤升任山东巡抚，第二天就向朝廷报告德军入侵沂州事件。这是前不久德军以传教士薛田资在日照后街头村寻衅滋事被当地人扣押三天并遭受虐待、山东矿物公司施工受阻为借口，入侵沂州府，在韩家村纵火烧毁村落、劫持士绅作人质，要求赔偿损失，并逼迫清政府答应向德英财团借款建造“天津—镇江”铁路。
最后，清政府再次被迫同意了德国人的无理要求，赔了七万多两银子。在谈判过程中，德军又占领了高密县城，并攻击了一个向德军开枪的村庄，杀死13人。毓贤曾经提出主张，说既然德国人被杀要赔偿，那么多中国人被杀、中国老百姓的财产被摧毁，也应该赔偿，双方互相赔偿对方的损失。这个要求当然被德国方面毫不客气的拒绝了。毓贤作为山东巡抚对德国人的愤怒也上升到了一个新的高度。
也就是说，作为缺乏基层经验的满洲官员，毓贤刚开始并不能理解老百姓被洋教欺负的愤慨，把民教冲突理解为跟土匪打砸抢类似的行径。等到他自己作为高级官员也被列强欺负到颜面扫地之后，对义和团运动的态度才开始改变。
毓贤在处死大刀会两大领袖之后，吸收了一些大刀会成员进入清军，又在两年后到曹州调查大刀会的活动。通过深入调查，他对大刀会的看法也发生了改变。在给清廷的报告中，毓贤得出结论：大刀会并没有任何跟土匪一样的劫掠民财和滥杀无辜的罪行，他们与教会的冲突，都是教会方面胡乱干涉民事纠纷造成的。
这样，山东巡抚任上的毓贤，就采取了跟他的前任李秉衡和张汝梅基本上一样的、甚至更加宽容的态度来对待义和团。他基本上把义和团视为合法的团练，对待民教冲突，尽量公平裁决，尤其是坚持不再采用死刑来处理问题，虽然也逮捕了少数有明显暴力行为的人，但严格命令官兵在抓捕过程中不得杀死任何人，被逮捕的义和团成员也没有被处死。
这种怀柔政策的效果非常好。毓贤是1899年3月当巡抚的，8月份，德国主教安治泰给德国政府报告说：“多亏巡抚的保护，济宁现已恢复平静。”周锡瑞则总结说：“毓贤的政策发挥了作用……教民蒙受的财产损失很小，而且在毓贤任内，不管教民也好，还是传教士也好，都未有人员死亡。”[1]
但毓贤的怀柔政策只是在山东中部和南部发挥了作用，在靠近直隶的鲁西北则未能生效。因为山东中部和南部是德国的势力范围，鲁西北则有法国、美国等诸多列强势力介入。
德国政府在强迫清政府签署《胶澳租界条约》之后，已经对自己在山东地区的特权感到满意了。它毕竟是一个新兴的海权强国，不具备在中国这么遥远的地方建立大规模殖民地的能力，占领青岛就是它兵力投送能力的极限了。它的基本谋略是以青岛为核心，建立一个通达济南等地的铁路系统，依靠铁路控制整个山东半岛。《胶澳租界条约》签署以后，这些图谋全都在纸面上得到了满足，接下来需要花时间来修建铁路，把规划中的殖民版图变成现实。在山东半岛，德国已经从“搅局者”变成了主导者，把山东视为自己的地盘了。在自己的地盘内，它希望“稳定压倒一切”。德国的天主教教会——圣公言会，在这之前四处挑事，给政府制造各种侵略山东的口实。现在山东已经霸占成功了，教会再继续制造“教案”，那就是给政府添乱了。1898年3月胶州湾德军入侵沂州事件招致了德国政府高层的不满，认为少量兵力贸然进入中国内陆地区是相当危险的事情。而当时德国也不具备派遣大量军队长期占领山东内地的能力。
这种情况下，德国海军部长会同外交部，在1898年6月正式通知其胶州“总督”叶世克和教会，从今往后，德国政府将只保护“德国公民的权益……这不包括中国教民”。并强调驻扎胶州的德国军队不能成为“传教士们的临时雇员”。海军大臣在给胶州“总督”的信件中说：“毫无疑问，山东的骚乱一般来说是由天主教传教士、特别是中国教民的挑衅行为引起的。”德国公使和德国军队都不应再为教会事务出面。
简单来说，就是以义和团为代表的中国人民的武力抗争，逼迫德国政府承认，如果他们滥用国家力量支持教会在中国的超宗教特权，他们在山东就很难获得稳定的殖民利益。德国政府决策层还是头脑清醒的，及时叫停了在山东对教会特权的支持。加上毓贤认识的转变，清政府和德国政府在处理义和团的政策上达成了一致。在山东中部和南部地区，教会特权滥用的情况得到了有效的遏制，受此影响，义和团运动也就迅速平静了下来。
但这也仅限于山东中部和南部。在山东西北部，靠近河北的地区，这里不是德国势力范围，法国、美国等诸多教会势力掺杂其中，这块地方到底是谁的势力范围还说不清楚。在此之前，由于德国的教会特别横，招惹的是非也最多，出现民教冲突一般都是德国政府去找清政府施加压力，法国和美国就乐得跟在后边搭便车。现在德国政府不再保护教会特权了，德国的教会组织老实了，法国和美国这边还没转过弯来，其教会继续在山东耀武扬威，义和团的斗争矛头自然就转移到他们头上。这下就轮到法国和美国的公使去总理衙门抗议了。
受此影响，毓贤在鲁西北采取了跟山东其它地方不一样的政策，继续武力捕杀义和团领袖，先后杀掉了朱红灯、心诚和尚等鲁西北义和团的领袖人物。其后果也跟他在曹州捕杀大刀会领袖一样，就是“按下葫芦浮起瓢”：杀掉一个地区的领袖之后，这个地方的义和团运动就会表面上消停一段时间。但教会特权不消失，人心不平，原本追随朱红灯、心诚和尚的义和团成员，就跑到周边邻近地区，壮大邻近地区的义和团队伍，继续暴力攻击教会势力。受甲午战争之后清政府裁军行动的影响，山东巡抚手里能掌握的军队数量有限，不具备全面镇压的能力。这样，问题总不能得到解决，鲁西北地区继续教案频发，暴力活动不断升级。
最终的结果，就是毓贤两头不讨好。鲁西北的义和团将他视为屠夫刽子手；法国和美国又认为义和团的壮大是毓贤在背后支持鼓动的结果——因为毓贤在山东大部分地区确实对义和团非常宽容友好。
总理衙门搞不清楚其间的复杂逻辑，在12月1日给毓贤发电报说：美国公使以前不太干预教案，现在如此频繁的跑来抗议，“其言似非无据”。意思就是已经不相信毓贤的解释了，认为毓贤可能真的在暗中支持义和团闹事。
12月25号，美国公使正式向总理衙门提出了“毓贤下台的必要性和合理性”的意见，并暗示可以把袁世凯的武卫右军派去山东镇压。第二天，毓贤就被免去了山东巡抚的职务并召回北京，改派袁世凯担任山东巡抚。
长期以来，流传着一种说法：毓贤在山东纵容义和团，而袁世凯则以武力强硬处置义和团，因此义和团在毓贤治下发展迅猛，而被袁世凯的铁腕治理得销声匿迹。这种说法是一种误解。袁世凯屠杀义和团是八国联军侵华之后的事儿，在此之前他在山东的政策跟毓贤差别不大。
从甲午战争到八国联军侵华期间，山东总共换了四任巡抚：李秉衡、张汝梅、毓贤、袁世凯。这四任巡抚对待义和团运动的方法可谓大同小异，没有多大区别。他们都知道义和团是被教会干涉民间纠纷和司法诉讼等非宗教特权的行为给逼出来的，解决方案就是尽可能的公正处理民教冲突，但迫于列强的压力，又不得不偏袒教会，只能尽可能的争取少用暴力解决问题。
在这四个巡抚中，李秉衡、张汝梅、袁世凯是汉族士绅阶层出身，只有毓贤是满人。毓贤跟这三人的区别无非就是头脑相对要简单一点，对士绅阶层的基层控制能力理解不足，刚开始拿对付土匪的手段对付大刀会，间接惹出了巨野教案，后来才明白过来。但这些都是细微差别，只要列强坚持在山东维护教会特权，这四个人的政策就都不会让列强满意。
袁世凯在拿到天津练兵的权力后，一直以“军人”身份示人，去当山东巡抚还把他的7000武卫军一起带去了山东。朝廷一度担心他会像毓贤一样简单粗暴的处置义和团，在上任之初不断告诫他要注意分寸。当时还很少有人知道，袁世凯并不是什么单纯的军人，而是天生的政治权谋大师。
袁世凯并不想用军队镇压义和团，连在鲁西北也不打算这么干。他知道民教冲突是如何爆发的，在1899年7月4日的奏章中说：
“（山东民教冲突）推其缘故，固由教民之强横，亦由地方官员未能持平办理……教民之气焰日张，良民之激怒愈甚，一旦发作，势同决川。”
这个说法跟毓贤等前三任巡抚的说法完全一致，没有区别。
担任山东巡抚后，袁世凯的政策思路，就是充分利用士绅阶层的力量加强基层控制，每天上报有无大量人员聚集的活动，一旦发现就坚决制止驱散。然后用武卫军控制少数交通要道，不让义和团跨区域流动。正如林华国所总结的：“通过多种手段并用，袁世凯把官、兵、勇、役、士绅、乡团等力量都动员起来了，从多方面形成对义和团的遏制”。[2]同时，他再私下动员官员和士绅，去说服教民“退教”，给教民施加压力不要惹是生非。他知道搞不定外国传教士，但很多中国教民还是对官府有畏惧心理，是可以说服的。
这种政策很快就稳定了包括鲁西北在内的山东局势，但仍然不能让教会满意。因为他们要的不是安全和稳定，而是凌驾于法律之上的特权。1900年1月15日，外国传教士致函山东洋务局，指责山东政府没有认真镇压义和团，信中说：“各州县未闻拿获一匪”。
袁世凯看到这封信，回信为自己辩解，说自从他担任巡抚二十多天以来，“先后获匪十二名”，因此说我一个人都没抓是谣言。
算来算去，总共也就抓了十二三个人。
两个月后，袁世凯在另一份公函中宣布，自己当了三个月山东巡抚，已经抓获匪徒三十多人，此外还在拘捕过程中击毙了数人。
作为对比，直隶地区在1899年12月的一个月内，就抓捕义和团一百余人，击毙数十人。显然，在八国联军侵华之前，袁世凯并没有使用比毓贤更凶残的武力来镇压义和团。他跟前三任山东巡抚在政策方向上没有什么区别，甚至比毓贤更加宽容，只不过控制方法更为精细化，更注重与士绅阶层的合作而已。
按照列强对待前三任山东巡抚的标准，袁世凯这些招数也不会发挥多大作用。他上任之后一个月，就发生了一个英国传教士在山东被杀的事件，在鲁西北地区，小规模的教案仍然在继续发生。
1899年3月 22日，袁世凯担任巡抚三个月后，美国公使再次到总理衙门交涉，投诉说：“山东拳匪现在临清、庞庄、高唐、夏津、平原各地，每日练拳，恐吓教民，与数月前无异。可见中国并未弹压拿办。”[3]要求总理衙门继续给山东巡抚施加压力，否则将会有严重后果。
列强对袁世凯在山东的做法，还是很不满意。如果不是直隶地区闹出更大的事儿出来，袁世凯在山东巡抚的位置上恐怕也很难坐的稳当。
真正“拯救”袁世凯的，并非他在山东的政策举措，而是直隶总督裕禄。裕禄把直隶的义和团问题处理得一团糟，为八国联军发动侵华战争创造了口实，这让列强、清政府、义和团们都顾不上山东，集中力量参与直隶地区的斗争，也就让袁世凯获得了解脱。
[1]周锡瑞，《义和团运动的起源》，240页。
[2]林华国，《历史的真想：义和团运动的史实及其再认识》，85页，天津古籍出版社
[3]林华国，《历史的真相》，88页
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