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截止到2001年底，我国警方己抓获100多名在阿富汗及其它国家恐怖训练营地受训后秘密潜入新疆的恐怖分子。有关国家警方也向中方引渡、移交了10多名被抓获的“东突”恐怖分子。2002年9月11日，联合国认定的“东伊运”为恐怖组织，2003年10月其首领买合苏木被巴基斯坦政府军击毙。
2、西亚、中亚一些伊斯兰国家出于狭隘的民族利益和宗教感情，在对华关系上玩弄两面手法，允许“东突独”组织在其境内合法存在，为其提供了生存和发展的空间。
与新疆接壤的伊斯兰教国家对新疆维吾尔分离主义分子，要么暗中支持，要么公开同情。在条件适当时，会容忍、默许，甚至暗中支持其境内的“东突”分裂势力向我渗透，并为其培训骨干，提供场所、经费和武器弹药，选派人员到伊斯兰极端势力的训练地进行培训。东突许多恐怖组织不仅以中亚为活动活动基地，还从中亚极端组织和恐怖组织那里获得精神支持、物质援助、技术培训和指导等。中亚伊斯兰教极端势力的滋生、发展和活跃，对我国新疆东突势力的政治化、暴力化、武装化和国际化起到了推波助澜的作用。在吉尔吉斯、哈萨克斯坦、塔吉克等国也有专门培训新疆“东突”分子的训练基地。
伊斯兰教是沙特对外政策的首要原则。改革开放初期到20世纪90年代末期，沙特阿拉伯派遣来自沙特、巴基斯坦、阿富汗等国的传教人员，潜入新疆，散播瓦哈比主义“圣战”思想。据他们的说法，新疆“本来”属于“伊斯兰世界”（阿拉伯文：Dar-ul-Islam），而中国属于“战争世界”（Dar-al-Hard），新疆被中国“占领”，因而亦沦为“战争世界”的一部份。要改变这“不合理”的现象，就得靠“圣战”，一切暴力行动，都是“圣战”行为。沙特某政府要员要任命阿不力米提（喀什“瓦哈比派”头目）为新疆国王。沙特政府以捐资修建清真寺、建立语言学校等为诱饵，实行所谓“心战”和思想渗透；以邀请并资助新疆穆斯林到麦加朝觐或出国学习经文等为诱饵，进行收买、腐蚀；采取“拉出去，打进来”的手法“埋钉子”，寻找、培养在境内的代理人等多种方法，积极向新疆输入新教派，通过代理人在我喀什、莎车、叶城、和田、阿克苏和乌鲁木齐等地建立传教点并制造教派纠纷和民族矛盾，妄图打击排挤爱国进步宗教人士，伺机夺取宗教领导权。最典型的是大力输入、培植瓦哈比派。该派通过收买代理人，在新疆各地积极宣传其主张，大力发展教徒，一个个地争夺清真寺的领导权，并公开宣称要“用伊斯兰教代替马克思主义”。科威特的宗教基金会也尝试渗透“东突”组织。
巴基斯坦本是中国的老盟友，可是部分巴国情报官员竞趁机利用沙特派遣的传教人员，大肆扩张自己在新疆的影响力。巴基斯坦及阿富汗境内的训练点己成为培训新疆民族分裂暴力恐怖分子的重要营地。为此，我国曾在1992-1995三年期间，封闭了连接中巴两国的战略要道喀拉昆仑公路。后经巴方的再三请求，公路重新开放。之后，巴国的“战略纵深”的“先锋”塔利班就节节胜利，与此同时，新疆境内的暴力事件也就大幅度增加。1997年，伊宁发生大规模的东突暴动及1998年在全疆范围内的炸弹或枪械的恐怖活动，实际上都与巴国的情报机关有关。此外，巴基斯坦还是仅次于阿富汗第二大东突恐怖组织的训练基地。仅2001年中，有十五名东突到巴基斯坦拉瓦尔品第的一家旅店接受训练。一名曾在北京民族学院上过学，精通五国语言的阿不都热苏本来是国家培养的“苗子”，后来因与同时在经济上发生龃龉，便跑到巴基斯坦领导新疆独立运动。
土耳其是“东突”组织在西亚的最大庇护地。1949年新疆解放前夕，艾沙·玉素甫逃往土耳其后，土耳其就成为新疆分裂势力在境外盘踞和向我国境内进行渗透的一个重要据点。长期以来，土在美国政府的支持下，积极支持分裂我国的东突民族分裂分子，可以说土耳其的东突厥政策对我国东突恐怖组织的分裂活动起了推波助澜的作用，土耳其是我国东突恐怖组织的基地和摇篮。20世纪50年代中期，老牌分裂分子伊敏、艾沙及其追随者大都移居土耳其，得到了以泛突厥主义为基础的土历届政府的支持。1992年土总统厄扎尔会见了定居在土耳其的东突民族分裂分子艾沙·尤素福、阿尔普太金。同时期，一土政要说，“在东突厥斯坦至少有3000多万我们的兄弟在中国的压迫卜，过着水深火热的生活”。1993年“东突厥斯坦慈善基金会”成立时，得到土耳其有关政府部门的支助。当新疆的伊宁和乌鲁木齐发生暴乱时，土国防部长告诫中国政府在处理这一问题时要“小心”。颇具规模的恐怖组织“东土耳其斯坦青年之家”，长期以来受到土耳其政权的庇护。目前，在土居住的新疆人口己达3万人以上，大多数己加入土籍，其中从事反华分裂活动的只是极少数。长期以来土耳其允许和支持东突恐怖组织在其境内建立组织和基地，向外输出革命。土政坛个别政要态度比较暖昧，同情和支持“东突”活动。尤其是苏联解体后，土一些政要大呼“泛突厥主义”的黄金时期到来，不惜血本从政治、经济和文化上拉拢中亚国家建立“中亚突厥语国家共同体”，己故总统厄扎尔和前总统德米雷尔都曾公开言称“土利益区从亚得里亚海到中国长城”，并都曾分别会见过“东突”头目伊敏、艾沙。极个别政要还对中国在新疆采取的反分裂和反恐怖政策存在微词。
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